Microsoft Copilot zostáva prevažne webovou aplikáciou, napriek sľubom o hlbšej integrácii do systému Windows. Používatelia vyjadrili sklamanie, že ide len o webové rozhranie, dostupné cez klávesovú skratku Alt + Medzerník. Microsoft plánuje v budúcnosti natívnu aplikáciu, no zatiaľ je funkcionalita obmedzená. Plná integrácia je dostupná len v rámci plateného balíka Microsoft 365 Copilot Pro